อาการของโรคกรดไหลย้อน มีอาการแสบอกหรือจุกเสียดบริเวณใต้ลิ้นปี่ คล้ายอาหารไม่ย่อย เรอบ่อย และอาจมีอาการคลื่นไส้ร่วมด้วย แม้ว่าโรคกรดไหลย้อนไม่เป็นอันตรายถึงชีวิต แต่เป็นโรคที่ทำให้ผู้ป่วยมีความทุกข์ทรมาน รวมทั้งส่งผลกระทบต่อคุณภาพชีวิตและประสิทธิภาพในการทำงาน ซึ่งหากไม่ได้รับการดูแลรักษาที่ถูกต้องจนมีอาการมากและเรื้อรังอาจเกิดภาวะแทรกซ้อนต่างๆ ได้แก่ หลอดอาหารอักเสบ ซึ่งจะมีอาการเจ็บหน้าอกขณะกลืนอาหาร เป็นแผลที่หลอดอาหาร อาจมีเลือดออกในระบบทางเดินอาหารส่วนบน ซึ่งจะมีอาการอาเจียนเป็นเลือด หรือมีอุจจาระเป็นสีดำ หลอดอาหารตีบตัน ซึ่งจะมีอาการกลืนอาหารลำบากและอาเจียนบ่อย หรือเกิดการเปลี่ยนแปลงเซลล์ของเยื่อบุหลอดอาหาร ถ้าเป็นรุนแรงอาจเกิดมะเร็งหลอดอาหาร ซึ่งจะมีอาการเจ็บขณะกลืนอาหาร กลืนลำบาก อาเจียนบ่อย และน้ำหนักลด เป็นต้น
